Una célula eucariota se puede considerar como una gran ciudad con diversos distritos. En ellos se llevan a cabo trabajos necesarios como pueden ser la producción de energía, la fabricación de productos, la elaboración de tales productos, la exportación o la importación con otras ciudades, el reciclaje de la basura, etcétera. Para que todo este sistema sea eficiente necesita que los distritos estén comunicados entre sí por carreteras y por transportadores.

Los distritos están representados en la célula por los compartimentos intracelulares y en las células eucariotas muchos de estos compartimentos están delimitados por membranas formando lo que llamamos orgánulos. Cada orgánulo celular está especializado en una o varias funciones. Por ejemplo, el retículo endoplasmático es un gran productor de moléculas, el aparato de Golgi modifica tales moléculas, sintetiza glúcidos y los reparte a otros orgánulos, los lisosomas son centros de degradación, las mitocondrias y los cloroplastos son grandes centrales energéticas, etcétera.

Esquema de las principales vías de comunicación mediante vesículas entre diferentes orgánulos que forman parte de la ruta vesicular. Existe comunicación bidireccional entre la mayoría de los orgánulos que se comunican directamente. No todas las conexiones están representadas.

La necesaria comunicación entre los orgánulos está mediada por vesículas, las cuales transportan las moléculas en su interior o incluidas en sus membranas. A estas comunicaciones es a las que se denominan en conjunto tráfico vesicular. Hay dos grandes rutas de comunicación entre los orgánulos. La primera se inicia en el retículo endoplasmático y envía vesículas al aparato de Golgi, el cual envía también vesículas a la membrana plasmática en un proceso denominado exocitosis. Ésta es la ruta exportadora, es decir, la que liberará moléculas producidas por la célula al exterior, aunque tiene también otras misiones. La otra gran ruta es la importadora y comienza en la membrana plasmática donde se forman vesículas por un proceso denominado endocitosis. Estas vesículas se fusionan con los endosomas, los cuales terminan convirtiéndose en lisosomas donde se degradan las moléculas incorporadas del medio extracelular. Existen otras muchas comunicaciones entre orgánulos mediadas por vesículas, dando la impresión de que todos los orgánulos están comunicados entre sí. Esto no se ha demostrado pero sí parece existir la regla de que la comunicación entre dos orgánulos es bidireccional, es decir, un orgánulo que envía vesículas a otro, también suele recibirlas de él. Por ejemplo, el retículo endoplasmático envía vesículas al aparato de Golgi, el cual a su vez crea vesículas destinadas al retículo endoplasmático; la membrana plasmática forma vesículas que se fusionan con los endosomas, pero éstos a su vez envían vesículas con destino a la membrana plasmática en una ruta de reciclaje.

Existen orgánulos como las mitocondrias, los cloroplastos y los peroxisomas que ni reciben ni forman vesículas para comunicarse con otros orgánulos. Están fuera de la ruta vesicular, pero se comunican con los otros orgánulos mediante otros mecanismos.